Eng nei Waff fir Tuberkulosediagnostik an Drogenresistenzdetektioun: Eng nei Generatioun gezielte Sequenzéierung (tNGS) kombinéiert mat Maschinnléiere fir Tuberkulose Hypersensibilitéitsdiagnos
Literaturbericht: CCa: e diagnostesche Modell baséiert op tNGS a Maschinnléieren, dee gëeegent ass fir Leit mat manner bakterieller Tuberkulos an tuberkuléiser Meningitis.
Dissertatioun Titel: Tuberkuléis geziilt nächst Generatioun Sequenzéierung a Maschinnléieren: eng ultra-sensibel diagnostesch Strategie fir paucific pulmonal Tubulär a tubulär Meningitis.
Zeitschrift: 《Clinica Chimica Acta》
ENG: 6.5
Verëffentlechungsdatum: Januar 2024
Kombinéiert mat der University of Chinese Academy of Sciences a Peking Chest Hospital of Capital Medical University, Macro & Micro-Test etabléiert en Tuberkulose-Diagnosmodell baséiert op der neier Generatioun vun geziilten Sequencing (tNGS) Technologie a Maschinnléieremethod, déi ultra-héich geliwwert huet. Detectioun Empfindlechkeet fir Tuberkulos mat wéineg Bakterien an tuberculous Meningitis, gëtt eng nei hypersensitivity Diagnos Method fir d'klinesch Diagnos vun zwou Zorte vun Tuberkulos, an gehollef der korrekt Diagnos, Drogenofhängeger Resistenz Detektioun a Behandlung vun Tuberkulos.Zur selwechter Zäit gëtt festgestallt datt de Plasma cfDNA vum Patient als gëeegent Probetyp fir klinesch Proben an der Diagnostik vun TBM benotzt ka ginn.
An dëser Etude, goufen 227 Plasma Echantillon a cerebrospinal Flëssegket Echantillon benotzt fir zwee klinesch Kohorten z'etabléieren, an deenen d'Labordiagnostik Kohort Echantillon benotzt goufen de Maschinn Léieren Modell vun Tuberkulos Diagnos ze etabléieren, an der klinescher diagnostic Kohort Echantillon goufen benotzt der etabléierter z'iwwerpréiwen. diagnostesche Modell.All Echantillon goufen fir d'éischt vun engem speziell entworf geziilte Erfaassung Sonde Pool fir Mycobacterium Tuberculosis gezielt.Dann, baséiert op TB-tNGS Sequenzéierungsdaten, gëtt den Entscheedungsbaummodell benotzt fir 5-fach Cross-Validatioun op den Trainings- a Validatiounssets vun der Labordiagnostikschlaang auszeféieren, an d'diagnostesch Schwellen vu Plasma-Proben a Cerebrospinal Flëssegproben ginn kritt.De kritt Schwelle gëtt an zwee Testsets vun der klinescher Diagnoseschlaang fir d'Detektioun bruecht, an d'diagnostesch Leeschtung vum Schüler gëtt duerch ROC Curve evaluéiert.Schlussendlech gouf den Diagnosmodell vun der Tuberkulose kritt.
Fig. 1 schematesch Diagramm vun Fuerschung Design
Resultater: No de spezifesche Schwellen vun CSF DNA Prouf (AUC = 0.974) a Plasma cfDNA Prouf (AUC = 0.908) an dëser Etude bestëmmt, ënnert 227 Echantillon, war d'Sensibilitéit vun CSF Prouf 97.01%, d'Spezifizitéit war 95.65%, an d'Sensibilitéit an d'Spezifizitéit vu Plasma Probe waren 82,61% an 86,36%.An der Analyse vu 44 gepaart Proben vu Plasma cfDNA a Cerebrospinal Flësseg DNA vun TBM Patienten, huet d'Diagnosstrategie vun dëser Etude eng héich Konsistenz vun 90,91% (40/44) am Plasma cfDNA a Cerebrospinal Flësseg DNA, an d'Sensibilitéit ass 95,45% (42/44).Bei Kanner mat pulmonaler Tuberkulos ass d'Diagnostikstrategie vun dëser Etude méi empfindlech op Plasma Echantillon wéi d'Xpert Detektiounsresultater vun Magensaft Echantillon vun de selwechte Patienten (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Analyse Leeschtung vun Tuberkulos Diagnos Modell fir Populatioun Echantillon
Fig. 3 Diagnostice Resultater vun gepaart Echantillon
Fazit: Eng hypersensibel diagnostesch Method fir Tuberkulose gouf an dëser Etude etabléiert, déi e diagnostesche Tool mat der héchster Detektiounsempfindlechkeet fir klinesch Patienten mat Oligobacillär Tuberkulose (negativ Kultur) ubidden.Detektioun vun hypersensibel Tuberkulose baséiert op Plasma cfDNA kann e passend Probetyp fir d'Diagnostik vun der aktiver Tuberkulose an der tuberkuléiser Meningitis sinn (Plasma Echantillon si méi einfach ze sammelen wéi zerebrospinal Flëssegkeet fir Patienten, déi vu Gehir Tuberkulose verdächtegt sinn).
Original Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?iwwer%3Dihub
Kuerz Aféierung vu Macro & Micro-Test Tuberkulose Serie Detektiounsprodukter
Am Hibléck vun der komplizéierter Proufsituatioun vun Tuberkulosepatienten a verschidde Bedierfnesser, bitt Macro & Micro-Test e komplette Set vun NGS Léisunge fir Liquefaktiounsextraktioun aus Sputumproben, Qualcomm Bibliothéik Konstruktioun a Sequenzéierung, an Datenanalyse.D'Produkter decken séier Diagnostik vun Tuberkulosepatienten, Drogenresistenzdetektioun vun Tuberkulos, Typen vu Mykobakterium Tuberkulos an NTM, Hypersensibilitéitsdiagnostik vu bakterienegativen Tuberkulos an Tuberkulos Leit, etc.
Serien Detektiounskits fir Tuberkulos a Mykobakterien:
| Artikel Nr | Produit Numm | Produit Test Inhalt | Echantillon Typ | applicabel Modell |
| HWTS-3012 | Probe Release Agent | Benotzt an der Flëssegkeetsbehandlung vu Sputumproben, huet eng éischtklasseg Rekordnummer kritt, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm Quantitéit Detectioun Kit fir hypersensibel Tuberkulos (Sonde Capture Method) | Net-invasiv (flësseg Biopsie) Hypersensibilitéitserkennung fir Bakterien-negativ Pulmonal Tuberkulose a Gehirnnodelen;D'Proben vu Leit, déi verdächtegt sinn mat Tuberkulos oder Net-Tuberkulose Mykobakterien infizéiert ze sinn, goufen duerch héich-Déift Sequenzéierungsmetagenomics analyséiert, an d'Detektiounsinformatioun ob Tuberkulos oder Net-Tuberkulose Mykobakterie infizéiert waren an d'Haaptinformatioun vun der éischter Linn Drogenresistenz vu Mycobacterium Tuberculosis. zur Verfügung gestallt goufen. | Periphere Blutt, Alveolar Lavage Flëssegkeet, Hydrothorax an Ascites, Fokus Punktéierungsprobe, Cerebrospinal Flëssegkeet. | Zweet Generatioun |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing an Drogenresistenz Detektioun Kit (Multiplex Amplifikatioun Sequenzéierungsmethod) | Mycobacterium Typing Test, dorënner MTBC an 187 NTM；Drogenresistenz Detektioun vu Mycobacterium Tuberkulose deckt 13 Medikamenter a 16 Kärmutatiounsplaze vun Drogenresistenzgenen. | Sputum, Alveolar Lavage Flëssegkeet, Hydrothorax an Ascites, Fokus Punktéierungsprobe, Cerebrospinal Flëssegkeet. | Zweet / Drëtt Generatioun duebel Plattform |
Highlights: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Typing an Drogenresistenz Detektioun Kit (Multiplex Amplifikatiounsmethod)
Produit Aféierung
D'Produkt baséiert op den Haapt éischt- an zweeter Linn Medikamenter beschriwwen an de WHO TB Behandlungsrichtlinnen, Makroliden an Aminoglycosiden, déi allgemeng an den NTM Behandlungsrichtlinnen benotzt ginn, an d'Drogenresistenzplazen decken all eng Grupp vun Drogenresistenz-verbonne Siten an der WHO Mycobacterium Tuberculosis komplexe Mutatiounskatalog, wéi och aner gemellt Drogenresistenzgenen a Mutatiounsplazen no der Enquête a Statistike vun héichwäertege Literatur doheem an am Ausland.
Typing Identifikatioun baséiert op den NTM Stämme zesummegefaasst an den NTM Richtlinnen publizéiert vum Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases an dem Konsens vun Experten.Déi entworf Schreifprimer kënne méi wéi 190 NTM Arten verstäerken, sequenzéieren an annotéieren.
Duerch geziilte Multiplex PCR Verstäerkungstechnologie goufen d'Genotyping Genen an Drogen-resistent Genen vu Mycobacterium duerch Multiplex PCR verstäerkt, an d'Amplicon Kombinatioun vun Zilgenen fir z'entdecken gouf kritt.Déi amplifizéiert Produkter kënnen an d'zweet-Generatioun oder d'drëtt-Generatioun High-Throughput-Sequencing-Bibliothéike konstruéiert ginn, an all Sequencing-Plattformen vun der zweeter Generatioun an Drëtt-Generatioun kënnen héich-Déift Sequenzéierung ënnerworf ginn fir d'Sequenzinformatioun vun Zilgenen ze kréien.Duerch d'Vergläiche mat de bekannte Mutatiounen, déi an der agebauter Referenzdatenbank enthale sinn (inklusiv dem WHO Mycobacterium Tuberculosis komplexe Mutatiounskatalog a seng Relatioun mat Drogenresistenz), goufen d'Mutatiounen am Zesummenhang mat Drogenresistenz oder Empfindlechkeet vun Anti-Tuberkulose Medikamenter bestëmmt.Kombinéiert mat der selbstopgemaachter Sputumprobebehandlungsléisung vu Macro & Micro-Test, gouf de Problem vun der gerénger Nukleinsäure-Verstäerkungseffizienz vu klineschen Sputumproben (zéng Mol méi héich wéi déi vun traditionelle Methoden) geléist, sou datt d'Drogenresistenz Sequenzenerkennung ka geléist ginn. direkt op klinesch Sputumproben applizéiert.
Produktdetektiounsberäich
34Drogenresistenz-Zesummenhang Genen vun18Anti-Tuberkulose Medikamenter an6NTM Drogen goufen entdeckt, deckt297Drogenresistenz Siten;Zéng Aarte vu Mycobacterium Tuberkulose a méi wéi190Aarte vun NTM goufen entdeckt.
Dësch 1: Informatiounen vun 18+6 Drogen +190+NTM
Produit Virdeel
Staark klinesch Adaptabilitéit: d'Sputumproben kënnen direkt mat Selbstflëssegkeetsmëttel ouni Kultur festgestallt ginn.
Déi experimentell Operatioun ass einfach: déi éischt Ronn vun der Verstäerkungsoperatioun ass einfach, an d'Bibliothéikkonstruktioun ass an 3 Stonnen ofgeschloss, wat d'Aarbechtseffizienz verbessert.
Iwwergräifend Tippen an Drogenresistenz: Ofdeckt d'Tipp- an Drogenresistenzplaze vu MTB an NTM, déi d'Schlësselpunkte vu klineschen Suergen sinn, genee Tippen an Drogenresistenzdetektioun, onofhängeg Analysesoftware ënnerstëtzen, an Analyseberichter mat engem Klick generéieren.
Kompatibilitéit: Produktkompatibilitéit, Upassung un Mainstream ILM a MGI/ONT Plattformen.
Produit Spezifizéierung
| Produit Code | Produit Numm | Detektiounsplattform | Spezifikatioune |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing an Drogenresistenz Detektioun Kit (Multiplex Amplifikatiounsmethod) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Post Zäit: Jan-23-2024